しかし、CT検査にもいくつか課題があります。
それは、X線の照射による放射線被ばくと、心臓のように拍動する臓器を撮影する場合の撮影スピードと撮影時間中の息止めです。

X線被ばく

CTは、X線（レントゲン）を発生する管球を体の周りを回転させることで撮影します。
しかしながら、早くたくさんの情報を得るために、通常のレントゲンの機械と比べて、比較的多量のX線を放射します。（5倍から10倍程度　腹部一般撮影と比較した場合：検査状況によって異なります。）
また人間が通常生活をしていて1年間に浴びる自然放射線の量に対し、CT撮影では数倍～10倍の放射線を、一回の撮影で被ばくします。
従って複数回のCT検査が必要な患者様や成人と比べて放射線感受性の高いお子様などは注意が必要です。　
また放射線感受性が高いといわれる乳腺、生殖腺、甲状腺などが撮影範囲にある場合も注意が必要といわれています。

撮影スピードと撮影時間中の息止め

通常のカメラでの撮影でも、動いている物体を取る為には速いシャッタースピードと高感度のフィルムを必要とします。従ってCTを含めレントゲン撮影などの診断機器もカメラと同様、心臓や胸部など動いている臓器を撮影することが苦手です。
CTも非常に早いシャッタースピードで撮影をしないと、心臓など常に動いている臓器は画像がぼけてしまい、小さな病気を見つけることが難しくなります。また胸部や腹部の撮影も、呼吸することにより常に動いているので、撮影に際しては患者様にしばらくの間、息を止めていただく必要があります。
しかしながら、お年寄りやお子様、また肺気腫や肺線維症などの呼吸器に病気を患っている患者様や重篤な症状の患者様には、数秒にわたる息止めはかなり負担となります。